Zanim w roku 1913 klub zawitał do pierwszej ligi, występował w lokalnych ligach. Po przeprawie z nieistniejącym już klubem Milonguero, zespół przebił się do drugiej ligi. Jednak w drugiej lidze nie wiodło się Boca Juniors i w owym czasie był to zespół zaliczany do przeciętnych. Do pierwszej ligi klub awansował w momencie, gdy w futbolu argentyńskim nastąpił podział na dwie konkurencyjne federacje piłkarskie – Asociación Argentina de Football (w skrócie AFA) i Federación Argentina de Football (w skrócie FAF). Obie federacje zorganizowały swoje własne mistrzostwa Argentyny, przy czym AFA postanowiła powiększyć swą ligę aż o 9 klubów, wśród których znalazł się Boca Juniors. Swój pierwszy mecz w pierwszej lidze Boca rozegrał na wyjeździe 13 kwietnia 1913 roku. “Trzynastka” okazała się bardzo szczęśliwa dla Boca Juniors, który wygrał z Estudiantil Porteno Buenos Aires 4:2. Cały sezon roku 1913 podzielono na dwa etapy. Na podstawie tabeli z pierwszego etapu, utworzono walczące o tytuł mistrza grupy A i B, oraz grupę spadkową C, złożoną z czterech najsłabszych klubów. Mistrzowie grup A i B zmierzyli się później o mistrzostwo, a drużyny grupy C walczyły o utrzymanie się w lidze. Boca Juniors (w którego składzie obok reprezentanta Argentyny, świetnego technika Pedro Calomino, grał liczący wówczas 18 lat znakomity napastnik reprezentacji Urugwaju Angel Romano) w rundzie kwalifikacyjnej zajął 5 miejsce i w drugiej fazie zagrał w grupie B. Tu spisywał się bardzo dobrze i zajął ostatecznie drugie miejsce za klubem San Isidro, czyli łącznie w całych mistrzostwach w 1913 roku Boca Juniors uplasował się na 3-4 miejscu. Mistrzostwa nie udało się zdobyć, ale już w pierwszym sezonie klub wdarł się do grona najsilniejszych klubów Argentyny. Przyszłość pokazała, że gdy Boca raz dostał się już do pierwszej ligi, nie dał się już z niej wyrzucić. W roku 1914 klub potwierdził zarówno swoje możliwości, jak i aspiracje, zajmując w lidze wysokie 3 miejsce. Po zakończeniu podziału w futbolu argentyńskim oraz odejściu Angela Romano do Nacionalu nastały dla klubu dwa słabsze sezony w 1915 i 1916 roku (w obu przypadkach 14 miejsce), ale w 1917 roku Boca Juniors zajął ponownie wysokie, tym razem 4 miejsce. W 1918 roku zabrakło punktu do wicemistrzostwa, które zdobył przyszły odwieczny rywal – River Plate. W 1919 roku doszło do kolejnego rozłamu w argentyńskiej piłce – 13 klubów opuściło federację Asociación Argentina de Football i założyło Asociación Amateurs de Football, który zorganizował własne mistrzostwa. Boca Juniors pozostał w dotychczasowej, uznawanej przez FIFA federacji. W okrojonej do 6 klubów lidze Boca Juniors zajął pierwsze miejsce i zdobył swoje pierwsze mistrzostwo Argentyny. W roku 1920 w powiększonej do 13 klubów lidze Boca Juniors znów zajął pierwsze miejsce zdobywając mistrzostwo kraju drugi raz z rzędu. Drugi tytuł zdobyty został w imponującym stylu – w 24 meczach jedna porażka, 52 bramki zdobyte i tylko 7 straconych oraz aż 12 punktów przewagi nad drugim w tabeli klubem Banfield. Po tak dobrym sezonie trzecie miejsce w 1921 i w 1922 roku były niespodzianką. Trzecie mistrzostwo w 1923 roku nie zostało zdobyte w tak imponującym stylu, jak poprzednie, gdyż konieczne było rozegranie czterech meczów barażowych z klubem Huracán. Za to w 1924 roku Boca Juniors zdobył mistrzostwo Argentyny bez porażki. Po zaskakująco słabym sezonie w 1925 roku (20 miejsce), w roku 1926 Boca Juniors z 17 meczów wygrał 15, zremisował 2 i żadnego nie przegrał, zdobywając piąty tytuł mistrza Argentyny. Był to ostatni sezon, w którym w Argentynie mistrzostwa organizowały dwie konkurujące ze sobą federacje. Mistrzostwa w następnym roku zorganizowała nowa, zjednoczona federacja – Asociación Amateurs Argentina de Football. Po połączeniu obu lig w 1927 roku Boca Juniors o jeden punkt dał się wyprzedzić klubowi San Lorenzo de Almagro i musiał zadowolić się tytułem wicemistrza kraju (pierwszym w historii klubu – dotąd było 5 tytułów mistrza, ale ani jednego wicemistrzostwa). W tym okresie kluczową rolę w drużynie zaczął odgrywać ściągnięty z paragwajskiego klubu Nacional znakomity pomocnik Manuel Fleitas Solich. W 1928 roku pomimo zdobycia aż 100 bramek było drugie wicemistrzostwo – tym razem Boca Juniors wyprzedzony został o 1 punkt przez klub Huracán. Królem strzelców sezonu z 32 bramkami został napastnik Boca Roberto Cherro, a trzeci w tej klasyfikacji z 29 bramkami był drugi z wybitnych napastników klubu Domingo Tarasconi. W roku 1929 liga podzielona została na dwie grupy, których zwycięzcy mieli stoczyć decydujący bój o mistrzostwo Argentyny. Boca Juniors po zwycięskim barażu z San Lorenzo de Almagro wygrał grupę B i uzyskał prawo walki o tytuł mistrza ze zwycięzcą grupy A – klubem Gimnasia y Esgrima La Plata. Mecz rozegrany na stadionie klubu River Plate Boca Juniors przegrał 1:2, uzyskując trzeci tytuł wicemistrza. W roku 1930 Boca Juniors zdobył w 35 meczach 113 bramek i został ostatnim mistrzem Argentyny w okresie futbolu amatorskiego.

W połowie maja 1931 roku grupa najsilniejszych klubów argentyńskich (a wśród nich Boca Juniors) wystąpiła z federacji Asociación Amateurs Argentina de Football i utworzyła nową federację – Liga Argentina de Football. W tym samym roku LAF zorganizowała pierwsze w historii Argentyny zawodowe mistrzostwa. Boca Juniors swój pierwszy mecz w lidze zawodowej rozegrał 31 maja 1931 roku z klubem Chacarita Juniors. W obecności 12 800 widzów mecz zakończył się bezbramkowym remisem. Choć początek nie był imponujący, Boca Juniors w 1931 roku został pierwszym zawodowym mistrzem Argentyny. W pierwszym zawodowym sezonie klub zdobył 85 bramek, a najlepszy strzelec Boca Juniors Francisco Varallo z 27 bramkami był trzeci w tabeli strzelców sezonu. Następny sezon w 1932 roku nie był już tak pomyślny, gdyż Boca zajął 4 miejsce (Varallo z 24 golami znów był trzeci w tabeli strzelców). W 1933 roku San Lorenzo de Almagro wyprzedził Boca Juniors o 1 punkt, co dało klubowi czwarte już wicemistrzostwo kraju. Dodatkowym sukcesem była korona króla strzelców dla Francisco Varallo, który zdobył 34 bramki.

Sezon w roku 1934 był ostatnim, w którym Argentyna miała dwóch mistrzów kraju – amatorskiego w lidze organizowanej przez Asociación Argentina de Football (federacja uznawana przez FIFA) oraz zawodowego w lidze organizowanej przez Liga Argentina de Football (której FIFA nie uznawała). Po zakończonym sezonie obie federacje połączyły się, tworząc Asociación del Football Argentino (czyli AFA). W tym przełomowym sezonie Boca Juniors preferując niezwykle ofensywny styl gry (101 bramek zdobytych przy aż 62 straconych) zdobył swoje drugie zawodowe mistrzostwo Argentyny, czyli ósme mistrzostwo kraju w historii klubu. W roku 1935 obrona klubu znacznie się poprawiła, tracąc w porównaniu z poprzednim sezonem dwukrotnie mniejszą liczbę bramek. O dziewiątym mistrzostwie zadecydowała nie tylko bardzo dobra obrona, ale i znakomita dwójka napastników – paragwajczyk Delfín Benítez Cáceres i jak zwykle Varallo, którzy razem zdobyli ponad połowę wszystkich bramek dla Boca Juniors.

Sezon w roku 1936 był zupełnie nietypowy. Najpierw rozegrano normalne rozgrywki ligowe, które nazwano Copa de Honor Municipalidad de Buenos Aires (Boca zajął 3 miejsce). Potem rozegrano drugi turniej o nazwie Copa Campeonato (gdzie Boca był piąty). Do dziś nie wiadomo, czy o mistrzostwie Argentyny zadecydował mecz między zwycięzcami obu turniejów, czy też jedynie wyniki pierwszego turnieju. Tak się jednak złożyło, że w obu przypadkach zarówno mistrz, jak i wicemistrz jest ten sam. Następny sezon w roku 1937 znów był “normalny”, a Boca uplasował się w tabeli na trzecim miejscu (za River Plate i Independiente).

Po dwóch słabszych sezonach (w 1938 piąty, a w 1939 szósty) w roku 1940, i to pomimo braku Beníteza Cáceresa, który wcześniej przeszedł do Racingu, Boca Juniors zdobył swój dziesiąty, jubileuszowy tytuł mistrza Argentyny. Po następnych dwóch słabszych sezonach (choć nie słabych – w 1941 4 miejsce, a w 1942 5 miejsce) dwa razy pod rząd (w 1943 i 1944) udało się klubowi Boca Juniors wyprzedzić słynną maszynkę, jak zwano w latach 40. znakomitą drużynę River Plate. Głównymi postaciami ataku Boca w tym okresie byli Mario Boyé, Jaime Sarlanga i Urugwajczyk Severino Varela. W roku 1945 Boca Juniors musiał uznać wyższość River Plate i zadowolić się tytułem wicemistrza Argentyny, natomiast w roku 1946, pomimo świetnej postawy i korony króla strzelców dla Mario Boyé, Boca Juniors wyprzedzony został przez San Lorenzo. W roku 1947 River Plate, mający w swym składzie znakomitego Alfredo Di Stéfano, był poza zasięgiem, więc Boca Juniors trzeci raz z rzędu został wicemistrzem Argentyny. Po dwuletnim okresie zapaści (1948 – 8 miejsce, 1949 – 15 miejsce) w 1950 Boca Juniors wspólnie z klubem Independiente zajęły drugie miejsce za bezkonkurencyjnym Racingiem. By zdobyć kolejny tytuł wicemistrza trzeba było rozegrać mecze barażowe. Po porażce 2:3 u siebie Boca w identycznym stosunku wygrał na boisku rywala. W trzecim meczu był remis 3:3. W tej sytuacji o przyznaniu tytułu wicemistrza klubowi Boca Juniors zadecydował lepszy stosunek bramek zdobytych do bramek straconych.

Po 3 słabych sezonach (1951 – 6 miejsce, 1952 – 10 miejsce, 1953 – 7 miejsce) w roku 1954 po 10 latach przerwy Boca Juniors znów był najlepszy w Argentynie. Mistrzostwo Argentyny zapewnił mecz rozegrany 11 listopada 1954 roku w przedostatniej, 29 kolejce, kiedy to Boca na własnym stadionie w obecności blisko 30 tys. widzów pokonał klub Tigre 1:0. Gwiazdami ówczesnych mistrzów Argentyny byli tacy piłkarze jak Eliseo Víctor Mourino, Natalio Agustín Pescia czy król strzelców José Borello. W roku 1955 River Plate jak za czasów La Máquina był poza zasięgiem konkurencji, jednak w walce o wicemistrzostwo Boca nie dał rady Racingowi i ostatecznie zajął trzecie miejsce. W roku 1956 znów najlepszy w lidze był River Plate. Boca Juniors pozyskał z Racingu znakomitego Antonio Angelillo, który rzeczywiście okazał się bardzo przydatny, będąc najlepszym w sezonie strzelcem klubu (14 bramek). Znów jednak było trzecie miejsce – wicemistrzem został Club Atlético Lanús. W 1957 po niezwykle udanym dla Argentyny turnieju Copa América 1957 Antonio Angelillo przeszedł do mediolańskiego Interu, a pozbawiony swego asa Boca uplasował się ostatecznie na czwartym miejscu. W 1958 roku zwyciężył Racing, a Boca znów musiał wywalczyć wicemistrzostwo w barażach. Wobec równej liczby punktów konieczne było rozegranie meczów o wicemistrzostwo Argentyny, do których doszło dopiero w kwietniu następnego roku, w trakcie trwania kolejnego sezonu. Na własnym boisku Boca przegrał z San Lorenzo 3:4, ale w meczu wyjazdowym nie dał przeciwnikom szans i wygrał 3:1. Po słabym roku 1959 (9 miejsce) klub ściągnął w 1960 znakomitego napastnika brazylijskiego Paulo Valentima. Boca zarówno w 1960 jak i w 1961 zajął 5 miejsce, jednak nowy nabytek nie zawiódł oczekiwań stając się z miejsca najlepszym strzelcem klubu. W roku 1962 Boca Juniors sięgnął wreszcie po długo oczekiwane mistrzostwo. Tym razem drużyna nie imponowała popisami strzeleckimi, a żelazną defensywą opartą o bramkarza Antonio Romę i kierującego obroną 25-letniego Antonio Ubaldo Rattína. Ponadto o sile mistrzów w dużej mierze decydował grający w środku pola Norberto Menéndez i oczywiście wyborowy strzelec – Paulo Valentim (strzelił 19 bramek na 45 zdobytych przez całą drużynę).

W Copa Libertadores Boca Juniors zadebiutował 7 kwietnia 1963 roku meczem w Asunción z miejscową Olimpią. Debiut nie był udany – klub przegrał z drużyną paragwajską 0:1. Tydzień póżniej był rewanż u siebie i zwycięstwo 5:3. Dwa jednobramkowe zwycięstwa z Universidad de Chile Santiago dały wygraną w grupie i awans do półfinału, gdzie trzeba było zmierzyć się ze słynnym Penarolem. W Montevideo Boca rozegrał bardzo dobry mecz pokonując arcytrudnego rywala 2:1. Zwycięstwo u siebie 1:0 dało historyczny, pierwszy w dziejach klubu awans do finału tej niezwykle prestiżowej imprezy. Tutaj czekał znakomity Santos z królem futbolu – Pelé. Na Maracanie wobec 55 tys. widzów już po pół godzinie gry brazylijska drużyna prowadziła 3:0. Gdy pewni siebie piłkarze Santosu zwolnili grę, Boca Juniors pokazał siłę swego ataku doprowadzając do stanu 3:2. Dwie bramki zdobył dla klubu z Buenos Aires świeży nabytek z San Lorenzo, znakomity napastnik reprezentacji narodowej – José Sanfilippo (który został w tym sezonie królem strzelców Pucharu Wyzwolicieli). W osiem dni później, 11 września, doszło do rewanżu na stadionie La Bombonera. Gdy w 46 minucie Sanfilippo zdobył prowadzenie, większość obserwatorów przekonana była, że dojdzie do trzeciego meczu finałowego (nie liczyła się wówczas różnica bramek, a różnica punktów – więc nawet bardzo wysokie zwycięstwo Boca nie wystarczyłoby do zdobycia pucharu). Jednak 4 minuty później wyrównał Coutinho, a w 82 minucie decydującą bramkę zdobyl Pelé. Drużyna Santosu wyraźnie pokazała, że była wówczas najlepszą klubową jedenastką świata. W lidze też nie całkiem się powiodło, gdyż w sezonie 1963 Boca zajął 4 miejsce.

Mistrzostwo Argentyny zdobyte w 1964 roku pozwoliło na kolejną międzynarodową probę w Copa Libertadores 1965. W turnieju tym wzięły udział dwie drużyny argentyńskie, gdyż obok Boca Juniors (w którego składzie grali tacy piłkarze jak Antonio Roma, Silvio Marzolini, Antonio Ubaldo Rattin, Ernesto Grillo czy Paulo Valentim) prawo udziału w turnieju miał zeszłoroczny zwycięzca – Independiente. Grupowi przeciwnicy Boca – boliwijski The Strongest La Paz i ekwadorski Deportivo Quito nie byli wymagającymi przeciwnikami i mistrzowie Argentyny wygrali grupę bez straty punktu. Zgodnie z obowiązującą zasadą, której celem było niedopuszczenie do sytuacji, by w finale zagrały kluby z tego samego kraju Boca musiał zmierzyć się z broniącym tytułu Independiente już w półfinale. Po przegranym 0:2 meczu wyjazdowym Boca Juniors wygrał u siebie 1:0. Ponieważ według regulaminu w tym momencie nie liczyła się różnica bramek, a różnica punktów, rozegrano mecz dodatkowy zakończony bezbramkowym remisem. Dopiero teraz przewaga bramkowa w dwumeczu dała awans drużynie Indpependiente. Dla przegranych jedynym pocieszeniem był fakt, że ich pogromcy ponownie zdobyli puchar. Drugie z kolei mistrzostwo Argentyny w 1965 roku Boca Juniors w dużej mierze zawdzięczał swemu nowemu nabytkowi – pozyskanemu z kluby Gimnasia y Esgrima La Plata Alfredowi Rojasowi, który z 17 bramkami okazał się najlepszym strzelcem w klubie. Nieszczęśliwie dla Rojasa 17 bramek nie wystarczyło aby objąć tytuł króla strzelców ligi. Tytuł ten przypadł Angelowi Cabrera, który to zdobył 18 bramek.

W Copa Libertadores 1966 obok Boca Juniors jako mistrza kraju miał prawo udziału także wicemistrz (czyli River Plate). Losowanie przeprowadzone zostało ze względu na państa, a nie na kluby – z góry było więc wiadome, że obie argentyńskie drużyny znajdą się w jednej grupie. Przeciwnikami klubów argentyńskich okazały się zespoły z Peru (Universitario Lima i Alianza Lima) oraz z Wenezueli (Italia Caracas i Lara Barquisimeto). Ze swoim głównym rywalem, zespołem River Plate, Boca przegrał pierwszy mecz 1:2 i wygrał u siebie 2:0. Ostatecznie zajął drugie miejsce w grupie tylko dlatego, że pogubił punkty w meczach ze słabszymi rywalami. Nie miało to jednak większego znaczenia, gdyż z grupy awansowały dwie najlepsze drużyny. Półfinał składał się aż z 7 klubów podzielonych na dwie grupy. By nie dopuścić do sytuacji, że w finale staną naprzeciw siebie kluby z jednego kraju w pierwszej grupie wystąpiły aż 3 drużyny argentyńskie – obok Boca Juniors i River Plate znaleźli się obrońcy tytułu, klub Independiente. Samotną “sierotką” w gronie tych trzech potęg był paragwajski klub Guaraní Asunción. Walka między argentyńskimi drużynami była niezwykle zacięta i wyrównana. Ostatecznie Boca zajął trzecie miejsce, mając 1 punkt mniej niż dwa pozostałe zespoły – River Plate i Independiente, które z powodu równej liczby punktów musiały rozegrać mecz barażowy o wejście do finału. W lidze natomiast w sezonie 1966 było trzecie miejsce, a Alfredo Rojas zdobywając 17 bramek znów okazał się najlepszym strzelcem klubu.

W sezonie 1967 pierwszy raz rozegrano dwa turnieje o mistrzostwo Argentyny. Najpierw był turniej Metropolitano, rozgrywany na dotychczasowych zasadach (czyli z udziałem klubów z zespołu miejskiego Buenos Aires i kilku innych silnych piłkarsko ośrodków jak Rosario czy La Plata). W tym roku ligę podzielono na dwie grupy po 11 drużyn, przy czym 2 najlepsze kluby z każdej z grup awansowały do półfinału mistrzostw. Boca Juniors zajął 4 miejsce w grupie A. Następne mistrzostwa, zwane Nacional dopuszczały kluby z prowincji wyłonione w toku długich i mozolnych eliminacji. Tutaj też Boca Juniors wypadł nienajlepiej plasując się na 8 miejscu w tabeli. Sezon 1968 również nie przyniósł klubowi żadnych sukcesów.

Jako mistrzowie Nacional piłkarze Boca Juniors otrzymali kolejną szansę zaprezentowania się na arenie międzynarodowej. W fazie grupowej Copa Libertadores 1970 kluby argentyńskie (obok Boca jako wicemistrz Nacional wystąpił River Plate) trafiły na kluby z Boliwii – Bolívar La Paz i Universitario La Paz. Boca Juniors fazę grupową przeszedł jak burza nie ponosząc żadnej porażki i tracąc tylko 1 punkt (jednak nie w meczu z River Plate, a w bezbramkowym remisie z Universitario w La Paz). W ćwierćfinale oba kluby z Argentyny spotkały się w grupie pierwszej z reprezentującym Peru Universitario Lima. Drużyna peruwiańska nie była w stanie sprostać wielkim klubom z Argentyny, które walkę o pierwsze miejsce rozegrały między sobą. Tak się złożyło, że Boca znajdował się wówczas w dołku (w tym okresie w lidze przegrana z Rosario Central 0:3 i z Huracánem 0:2), co bezwzględnie wykorzystał River Plate i awansował do półfinału. Także w lidze pierwsza połowa sezonu 1970 nie była w pełni pomyślna – w Metropolitano Boca Juniors zajął 4 miejsce. Znacznie lepie było w mistrzostwach Nacional, podzielonych na dwie grupy po 10 klubów. Boca wspólnie z Rosario Central zajął dwie czołowe pozycje w grupie B i awansował do półfinału mistrzostw, gdzie 20 grudnia zwycięzył 2:0 z Chacarita Juniors. W finale przeciwnikiem byli rywale z grupy (którzy w półfinale zdecydowanie pokonali Gimnasię z La Platy 3:0). Decydujący o mistrzostwie mecz rozegrano 23 grudnia na stadionie klubu River Plate. Na bramkę Landucciego z 40 minuty Boca odpowiedział trafieniem Rojasa w 79 minucie – konieczna okazała się więc dogrywka. W 109 minucie meczu mistrzowską bramkę zdobył dla Boca Juniors Jorge Antonio Coch. Drużyna Boca prowadzona przez José Silverę zagrała w finale w następującym składzie: Antonio Roma – Julio Guillermo Meléndez, Silvio Marzolini, Rubén José Suńé, Norberto Rubén Madurga, Miguel Alberto Nicolau, Jorge Antonio Coch, José Rubén Palacios, Hugo Alberto Curioni (59 Raúl Armando Savoy), Ángel Clemente Rojas, Oscar Antono Pianetti (96 Antonio Roberto Cabrera).

O kolejnym Pucharze Wyzwolicieli (Copa Libertadores 1971) obaj reprezentanci Argentyny (Boca Juniors i Rosario Central) woleli by zapomnieć. W swoim czwartym występie grupowym na La Bombonera piłkarze klubu, nie mogąc pokonać peruwiańskiej drużyny Sporting Cristal Lima, na 4 minuty przed końcem meczu przy stanie 2:2 rzucili się do bójki. Efekt był taki, że Boca Juniors wykluczony został z rozgrywek, a w pozostałych dwóch meczach przyznano rywalom walkower. Rosario Central też spisał się słabo i z grupy, ku zaskoczeniu wszystkich, wyszedł na pierwszym miejscu klub Universitario Lima. W lidze w sezonie 1971 też było nie najlepiej – 8 miejsce w Metropolitano i 5-6 w Nacional. W turnieju Metropolitano w sezonie 1972 było 9 miejsce, za to znacznie lepiej było w Nacional, gdzie Boca Juniors wygrał grupę B i awansował do najlepszej trójki imprezy. Ponieważ liczyły się zdobyte punkty, a nie miejsce w tabeli swojej grupy, Boca Juniors, by zagrać w finale, zmierzyć się musiał z wicemistrzem grupy A, swoim już odwiecznym rywalem, River Plate. Przegrana 2:3 oznaczała, że marzenia o mistrzostwie trzeba było odłożyć na przyszłość. W drużynie niedoszłych mistrzów wyróżniał się wówczas Hugo Curioni, który z 12 bramkami był najlepszym strzelcem zespołu. W sezonie 1973, w odróżnieniu od poprzednich, klub lepiej spisał się w turnieju Metropolitano, w którym zajął 2 miejsce (4 punkty za mistrzowskim klubem Huracán) sięgając po tytuł wicemistrza Argentyny. W drużynie brylowali wtedy dwaj napastnicy – Hugo Curioni (który z 17 bramkami został jednym z trzech królów strzelców imprezy) oraz Osvaldo Potente (15 bramek). W Nacional było znacznie słabiej – 5 miejsce w grupie B (czyli razem 9-10). Turniej Metropolitano w sezonie 1974 podzielony był na dwie grupy, z których do finału awansowały po dwa zespoły z każdej z grup. Boca Juniors zajął drugie miejsce w grupie B i awansował do finałowej czwórki. Tu jednak piłkarze klubu Boca nie dali rady rewelacyjnie spisującym się klubom z Rosario – Rosario Central i Newell’s Old Boys. W turnieju Nacional było, jak na aspiracje takiego klubu, bardzo słabo – 7 miejsce. W sezonie 1975 w Metropolitano drugi raz z rzędu Boca Juniors był trzeci, a w Nacional klub nie zdołał zakwalifikować się nawet do czołowej ósemki.

Sezon ligowy w 1976 roku to najbardziej udany sezon w historii klubu. Najpierw rozegrane zostały mistrzostwa Metropolitano, podczas których liga podzielona została na dwie grupy po 11 klubów. Do decydującej o mistrzostwie rundy finałowej awansowało 12 klubów – po 6 najlepszych z każdej grupy. Boca Juniors w grupie A zajął 4 miejsce – klub awansował do grupy finałowej, ale swą grą nikogo nie zachwycił. Nikt nie spodziewał się, że końcowa lokata będzie lepsza niż w ostatnich sezonach. Jednak w grupie mistrzowskiej drużyna kierowana przez Juana Carlosa Lorenzo zmieniła się nie do poznania, skutkiem czego na 11 meczów wygrała 8, zremisowała 3 i nie poniosła żadnej porażki. Zwycięski zespół charakteryzował się tym, że największe sławy grały nie w napadzie, a z tyłu – byli to tacy piłkarze jak bramkarz Hugo Gatti oraz obrońcy Francisco Sá (niedawno ściągnięty z Independiente) i Alberto Tarantini. Mistrzostwa Nacional podzielono na cztery grupy po 8 klubów. Boca Juniors wygrał swoją grupę i bez problemu awansował do fazy pucharowej. Tutaj po pokonaniu Banfield i Huracánu klub dotarł do finału, gdzie przyszło zmierzyć się z River Plate, w którego składzie grali tacy gracze jak bramkarz Ubaldo Fillol, obrońcy Alfredo Perfumo i Daniel Passarella oraz w napadzie Oscar Más. Na stadionie klubu Racing w obecności 69 tys. widzów Boca wygrał minimalnie 1:0 i drugi raz w tym samym roku zdobył mistrzostwo Argentyny. Do dziś nie udało się tego sukcesu powtórzyć.

W Copa Libertadores 1977 losowanie nie było zbyt szczęśliwe dla drużyn argentyńskich, które trafiły na reprezentantów Urugwaju – kluby Defensor i Penarol z Montevideo. Boca Juniors wygrał jednak grupę niezwykle pewnie, choć bez fajerwerków. Nie przegrał przy tym żadnego meczu i nie stracił bramki. Równie efektywnie klub spisał się w grupie półfinałowej grając z kolumbijskim Deportivo Cali i paragwajskim Libertad Asunción, choć tym razem nie obyło się bez strat bramkowych. W finale czekał obrońca tytułu – Cruzeiro Belo Horizonte. W Buenos Aires wygrał Boca Juniors 1:0, w Belo Horizonte był identyczny wynik, tyle że w odwrotną stronę. W Montevideo na Estadio Centenario mimo dogrywki nie padła żadna bramka i konieczna okazała się rozgrywka w rzutach karnych. Tu piłkarze klubu argentyńskiego okazali się odporniejsi nerwowo i Boca Juniors pierwszy raz w historii sięgnął po największe trofeum Ameryki Południowej. W decydującym meczu klub wystąpił w następującym składzie: Gatti – Pernía, Tesare, Mouzo, Tarantini, J.J. Benitez (Ribolzi (Pavón)), Suné, Zanabria, Mastrángelo, Veglio, Felman. W lidze w 1977 było czwarte miejsce w Metropolitano, natomiast w Nacional nie udało się awansować do najlepszej czwórki.

Wiosną następnego roku Boca Juniors przystąpił do walki o miano najlepszej drużyny świata z finalistą PEMK niemieckim klubem Borussia Mönchengladbach (zdobywca Pucharu Europy Liverpool FC wycofał się z walki). Na “La Bombonera” 21 marca 1978 był remis 2:2. Tydzień później w walce o Copa Interamericana Boca Juniors łatwo pokonał 3:0 meksykański klub América Meksyk. Rewanż w Meksyku 12 kwietnia zakończył się sensacyjną porażką 0:1. Ponieważ nie liczyła się różnica bramek, lecz różnica punktów – dwa dni później rozegrano dodatkowy mecz. Drużyna meksykańska w pełni wykorzystała słabszą dyspozycję faworytów i wygrała po dogrywce 2:1, odnosząc największy w swej historii sukces. Rewanżowy pojedynek o Puchar Świata odbył się 1 sierpnia w Karlsruhe. Boca Juniors słabszą dyspozycję z wiosny miał już za sobą i po bramkach Felmana w 2 minucie, Mastrángelo w 33 minucie i Salinasa w 37 minucie łatwo wyszedł na prowadzenie 3:0. Kierowana przez wybitnego szkoleniowaca Udo Lattka znakomita drużyna niemiecka (w której składzie grali tacy piłkarze jak Berti Vogts i Allan Simonsen) nie była tego dnia w stanie odwrócić losów meczu, który do końca kontrolowali będący w świetnej dyspozycji piłkarze z Argentyny. Boca Juniors, którego trenerem był wówczas Juan Carlos Lorenzo, zdobył miano najlpepszej drużyny świata grając w następujacym składzie: Hugo Orlando Gatti – José Luis Tesare, José María Suárez, Vicente Alberto Pernía, Rubén José Suné, Miguel Ángel Bordón, Ernesto Enrique Mastrángelo, Mario Nicasio Zanabria, José Luis Saldano (46 Carlos José Veglio), Carlos Horacio Salinas, Darío Luis Felman.

W Copa Libertadores 1978 drużyna jako obrońca tytułu nie grała w fazie grupowej i od razu przystąpiła do walki w półfinałach. Przeciwnikami w grupie był odwieczny rywal, River Plate, oraz brazylijski klub Atlético Mineiro Belo Horizonte. Boca Juniors nie dał żadnych szans renomowanym rywalom i ze stratą tylko jednego punktu awansował do finału. Tutaj w listopadzie przyszło zmierzyć się z kolumbijską rewelacją turnieju – Deportivo Cali. Po bezbramkowym meczu wyjazdowym Boca Juniors rozgromił u siebie przeciwników 4:0 i drugi raz z rzędu zdobył Puchar Wyzwolicieli grając w następującym składzie: Gatti – Pernía, Sá, Mouzo, Bordón, J.J. Benítez (Veglio), Suné, Zanabria, Mastrángelo, Salinas, Perotti. Rozgrywki ligowe sezonu 1978 toczyły się w tle międzynarodowych zmagań klubu. W Metropolitano słabsza dyspozycja z marca i kwietnia sprawiła, że klubowi zabrakło tylko 1 punktu do mistrzostwa. W trakcie Nacional klub większą uwagę zwracał na rozgrywki w Copa Libertadores, toteż w grupie dał się wyprzedzić nawet regionalnemu klubowi Atlético Tucumán.

Ponieważ zarówno zwycięzca w PEMK Liverpool, jak i Boca Juniors nie znalazły wolnych terminów, mecze o miano najlpeszej drużyny świata nie odbyły się. W Copa Libertadores 1979 klub znów, jako obrońca tytułu, bez gry awansowal do półfinału. W walce o finał zmierzył się z Independiente i urugwajskim Penarolem. Oba kluby argentyńskie uzyskały na koniec identyczną ilość punktów i konieczne było rozegranie barażu, w którym Boca Juniors pokonał Independiente 1:0 i trzeci raz z rzędu awansował do finału Pucharu Wyzwolicieli. Przeciwnikiem był rewelacyjnie spisujący się klub paragwajski Olimpia Asunción. W Asunción na stadionie Defensores del Chaco drużyna Olimpii całkowicie zaskoczyła obrońców tytułu i już po pół godzinie gry prowadziła 2:0. Teraz zespół paragwajski zademonstrował znakomitą defensywę i nie dał już sobie strzelić bramki. Również w rewanżu przez 90 minut gry nie padła żadna bramka i sensacja stała się faktem – faworyzownany Boca Juniors nie wygrał trzeci raz z rzędu, za to pierwszy raz w dziejach w Copa Libertadores wygrała drużyna paragwajska. Sezon ligowy 1979 był jeszcze mniej udany – 7-8 miejsce w Metropolitano, a w Nacional Boca Juniors nie zdołał zakwalifikować się do najlepszej ósemki. Tak więc na jakiś czas klub musiał pożegnać się z rozgrywkami międzynarodowymi.

Po fatalnym sezonie w 1980 roku (7 miejsce w Metropolitano i mizerna postawa w Nacional) Boca Juniors zdobył kolejne mistrzostwo Argentyny w turnieju Metropolitano w 1981 roku (w czym znacznie pomógł klubowi Diego Maradona). W Nacional było słabiej (klub wyeliminowany został w ćwierćfinale), ale i tak znacznie lepiej niż przed rokiem. Występ w Copa Libertadores 1982 był jednym z najsłabszych występów klubu na arenie międzynarodowej – Boca Juniors na 6 meczów wygrał tylko jeden dając się wyprzedzić nawet boliwijskiemu klubowi The Strongest La Paz. W lidze w sezonie 1982 doszło do zmiany kolejności rozgrywania turniejów – najpierw rozegrano turniej Nacional, a potem Metropolitano. W Nacional Boca nie zakwalifikował się do rundy pucharowej, ale w Metropolitano było znacznie lepiej – 3 miejsce, a najlepszy strzelec klubu Ricardo Gareca z 17 bramkami został wicekrólem strzelców. W sezonie 1983 turniej Nacional podzielono na 8 grup po 4 kluby – z każdej grupy do następnej runduy awansowały trzy drużyny. Boca Juniors wygrał grupę E i bez problemu awansował do kolejnego etapu. Wyeliminowanie klubu San Martín Tucumán nie stanowiło wielkiego problemu, jednak w 1/8 finału Boca nie dał rady klubowi Argentinos Juniors. W Metropolitano też było mizernie – jedynie 7 miejsce. W 1984 w turnieju Nacional Boca Juniors nawet nie wyszedł z grupy, w której dał się wyprzedzić przez Newell’s Old Boys Rosario i Talleres Córdoba. W Metropolitano klub zbliżył się do dna zajmując 16 miejsce na 19 klubów.

Sezon w 1985 roku był dość nietypowy, gdyż nie zostały rozegrane mistrzostwa Metropolitano, a jedynie mistrzostwa Nacional. Związane to było z przejściem ligi argentyńskiej z dotychczasowego systemu jesień-wiosna na system wiosna-jesień. Boca Juniors wygrał grupę B, jednak w fazie pucharowej wyeliminowany został już w pierwszej rundzie przez Vélez Sarsfield. Tym razem jednak nie odebrało to jeszcze szansy na końcowy sukces. Według regulaminu pokonany w grupie “zwycięzców” Boca Juniors przeszedł do tzw. grupy “przegranych”, gdzie w dalszym ciągu grano systemem pucharowym – ale dopiero tutaj porażka oznaczała ostateczne pożegnanie się z mistrzostwami. W drugiej rundzie grając wśród “przegranych” Boca Juniors tafił na rywala, z którym grał już w fazie grupowej – klub regionalny Altos Hornos Zapla Palpalá. Zwycięstwo 3:1 dało pewny awans do trzeciej rundy, gdzie trzeba było uznać wyższość drużyny Independiente. Nowy sezon 1985/86 był pierwszym w historii futbolu argentyńskiego, w którym liga grała systemem wiosna-jesień. Drugim ważnym punktem reformy było połączenie mistrzostw Nacional i Metropolitano w jedne ogólnonarodowe mistrzostwa, w których drużyny z prowincji uzyskały możliwość awansu do najwyższej ligi. Sezon ten dla Boca Juniors nie był już tak fatalny, jak poprzedni. Klub zajął w lidze 5 miejsce, co wystarczyło, by zakwalifikować się do Liguilla Pre-Libertadores, który miał wyłonić drugi (obok mistrza Argentyny) klub mający prawo gry w Copa Libertadores. Boca Juniors wykorzystał swą szanę i wygrał turniej, dzięki czemu razem z mistrzem Argentyny (River Plate) wystąpił w Copa Libertadores 1986. Obie drużyny argentyńskie trafiły na reprezentantów Urugwaju – Wanderers Montevideo i Penarol Montevideo. Grupę wygrał River Plate nie ponosząc żadnej porażki, a ponieważ awansował dalej tylko zwycięzca grupy, będący na 3 miejscu Boca Juniors odpadł już w fazie grupowej. W lidze w sezonie 1986/87 było 4 miejsce, czyli o jedno oczko wyżej niż przed rokiem. W drużynie Boca Juniors wyróżnił się napastnik Jorge Comas, który z 19 bramkami został wicekrólem strzelców ligi argentyńskiej. W turnieju Pre-Libertadores Boca Juniors dotarł do finału, jednak przegrał z Independiente i nie zakwalifikował się co Copa Libertadores 1987.

W sezonie 1987/88 Boca Juniors zajął 12 miejsce i wziął udział w zorganizowanym dla tych najsłabszych drużyn pierwszoligowych, które nie spadły do drugiej ligi, turnieju Liguilla Clasificación. Zwycięstwo w tych rozgrywkach dawało prawo gry w turnieju Pre-Libertadores w następnym roku. Jednak nawet tutaj klubowi się nie powiodło. Co prawda Boca Juniors dorarł do finału, ale tu uległ klubowi Platense. W 1988 roku doszło do pierwszej edycji Supercopa Sudamericana, które w swej idei miał być drugim po Copa Libertadores turniejem w Ameryce Południowej. Prawo gry w tym turnieju przysługiwało z “urodzenia” i nie trzeba było żadnych kwalifikacji, gdyż w pucharze tym mogły brać udział tylko te kluby, który w swej historii co najmniej raz wygrały Copa Libertadores. Boca Juniors należał do tej elity i 2 marca 1988 roku zadebiutował w nowym turnieju na La Bambonera, wygrywając 1:0 (pierwszą bramkę w nowym turnieju zdobył dla klubu Jorge Alberto Comas w 4 minucie meczu) z brazylijskim klubem Gremio Porto Alegre . Dwa tygodnie później doszło do rewanżu w Porto Alegre, gdzie drużyna brazylijska pokonała kierowany przez José Omara Pastorizę Boca Juniors 2:0 i awansowała do ćwierćfinału.

Całkowicie odmienny był sezon 1988/89, w którym Boca Juniors zdobył wicemistrzostwo Argentyny oraz prawo gry w Copa Libertadores 1989. Ponownie najlepszym strzelcem klubu był Jorge Comas (15 bramek). Ponadto bardzo wzmocniło grę defensywną klubu ściągnięcie z kolumbijskiego Independiente Santa Fe świetnego bramkarza Navarro Montoyi. W Pucharze Wyzwolicieli Racing i Boca Juniors trafiły na kluby peruwiańskie – Universitario Lima i Sporting Cristal Lima. Tym razem nie było problemów z awansem do kolejnego etapu, gdyż spośród 4 klubów w grupie awansowały 3 kluby. Zachęcające jednak było, że Boca Juniors zajął pierwsze miejsce. W 1/8 finału rywalem była zawsze groźna Olimpia Asunción. W stolicy Paragwaju Boca przegrał 0:2, ale u siebie pokonał Olimpię 5:3. W odróżnieniu od rozgrywek europejskich nie liczyły się bramki wyjazdowe, lecz jedynie bilans dwumeczu – a ten był remisowy. Nie było także dogrywki, lecz od razu przystąpiono do losowania metodą rzutów karnych. Drużyna z Paragwaju okazała się w tej rozgrywce nieco lepsza i wygrała karne 7:6.

Niepowodzenie w Pucharze Wyzwolicieli Boca Juniors postanowił powetować sobie w Supercopa Sudamericana 1989, gdzie do ćwierćfinału udało awansować się bez gry. Kierowany przez nowego trenera Carlosa Aimara zespół trafił na rywala “zza miedzy” – Racing. Na La Bombonera był bezbramkowy remis, jednak na stadionie Racingu Boca Juniors po bramkach Ponce i Cuciuffo wygrał 2:1 i awansował do półfinału. Pojawiła się teraz okazja do rewanżu za ubiegłoroczne niepowodzenie, gdyż w walce o finał trzeba było pokonać Gremio Porto Alegre. Tym razem pierwszy mecz rozegrano w Porto Alegre, gdzie Boca osiągnął bezbramkowy remis. W Buenos Aires po bramkach Marangoniego i Cuciuffo drużyna argentyńska wygrała pewnie 2:0 i znalazła się w finale imprezy. Decydująca walka miała się rozegrać między dwoma klubami argentyńskimi, gdyż obok Boca Juniors na szczycie znalazł się najbardziej utytułowany w Copa Libertadores klub Independiente. W lidze we wrześniu Boca wygrał na La Bombonera z Independiente 1:0. Jednak 22 listopada nie padła żadna bramka. W tydzień później było podobnie i o ostatecznym triumfie zadecydowały rzuty karne. Karne 5:3 wygrał Boca, bo miał w bramce Montoyę. W ten sposób po bezbramkowym dwumeczu zespół z La Boca dodał kolejny międzynarodowy puchar do swej kolekcji.

W sezonie 1989/90 znów było wysokie miejsce w lidze – tym razem trzecie. Dzięki wygraniu turnieju Pre-Libertadores (po pokonaniu w finale Independiente dwa razy po 1:0) Boca Juniors obok mistrzów Argentyny (River Plate) uzyskał prawo startu w Copa Libertadores 1991. Kluczową postacią zespołu był wychowanek klubu, okrzyknięty wtedy “drugim Maradoną” Diego Latorre. Ostanie zwycięstwo w Supercopa Sudamericana dało klubowi prawo gry ze zwycięzcą Copa Libertadores 1989 o Recopa Sudamericana. Do spotkania doszło dopiero 17 marca 1990 roku w Miami, gdzie piłkarze Boca po bramce Diego Latorre pokonali aktualnych zdobywców Pucharu Wyzwolicieli i zdobyli kolejne trofeum. W listopadzie w Supercopa Sudamericana 1990 Boca Juniors wystąpił w roli obrońcy tytułu i dlatego awansował do ćwierćfinalu bez gry. Dzięki bramce Giunty 4 listopada Boca wygrał na wyjeździe z potężnym urugwajskim klubem Penarol Montevideo. Rewanż miał być formalnością – jednak kilknaście dni później na La Bombonera zespół z Urugwaju rozegrał znakomity mecz i pokonał gospodarzy 2:0. Kolejną międzynarodową szansą dla klubu miał być rozgrywany w następnym roku Copa Libertadores. W fazie grupowej Pucharu Wyzwolicieli kluby z Argentyny trafiły na kluby z Boliwii – Bolívar La Paz i Oriente Petrolero Santa Cruz. Największą sensacją turnieju było ostatnie miejsce w grupie mistrzów Argentyny – River Plate. Do dalszych gier awansował drugi w grupie Boca Juniors i oba kluby z Boliwii. W 1/8 finału Boca nadspodziewanie łatwo uporał się z brazylijskim klubem Corinthians Sao Paulo (3:1 u siebie i 1:1 w meczu wyjazdowym). W ćwierćfinale kolejna brazylijska przeszkoda – Flamengo Rio de Janeiro. Po wyjazdowej porażce 1:2 Boca wygrał 3:0 u siebie i awansował do półfinału. W dwumeczu z rewelacyjnie spisującym się chilijskim klubem Colo Colo Santiago drużyna z Argentyny była faworytem, jednak po nikłym 1:0 w Buenos Aires, w Santiago Colo Colo wygrał 3:1 i awansował do finału. Później okazało się, że Boca Juniors wyeliminowany został przez zdobywców tej edycji pucharu. Po dobrym występie w Pucharze Wyzwolicieli klub miał nadzieję na sukces w Supercopa Sudamericana 1991. W 1/8 finału znów przeszkodą był klub z Urugwaju – tym razem Nacional Montevideo. W pierwszym meczu na La Bombonera (3 października) w pierwszej połowie prowadzenie dla Boca uzyskał Walter Pico, jednak w drugiej połowie wyrównał Dely Valdéz. Sześć dni później w rewanżu też padły tylko dwie bramki i też po jednej w obu połowach. Jedyna różnica polegała na tym, że strzelali tylko gracze Nacionalu. Ligowy sezon 1990/91 był udany – Boca z brylującym w środku pola Diego Latorre i w napadzie Gabrielem Batistutą (zdobył 13 bramek – po zakończonym sezonie odszedł do Fiorentiny) został wicemistrzem Argentyny. Jednak tytuł ten nie kwalifikował do Copa Libertadores 1992, gdzie prawo gry miał jedynie mistrz Argentyny (tym razem Newell’s Old Boys) oraz zwycięzca turnieju Pre-Libertadores. Tutaj Boca po dojściu do finału uległ klubowi San Lorenzo. W kolejnym podejściu do Supercopa Sudamericana w 1992 roku Boca Juniors trafił w 1/8 finału na Estudiantes La Plata. U siebie 29 września piłkarze Boca wygrali 2:1, w rewanżu lepsi o jedną bramkę okazali się gracze z La Platy. Gorzej wykonywane rzuty karne zadecydowaly, że Boca na kolejną szansę musiał poczekać jeszcze jeden rok.

W sezonie 1991/92 mistrzostwa Argentyny po raz pierwszy podzielono na dwa turnieje – Apertura i Clausura. Mistrz każdego z tych turniejów był mistrzem Argentyny. W turnieju Apertura Boca Juniors zdobył wicemistrzostwo Argentyny. W turnieju Clausura było nieco gorzej – 4 miejsce. Drugie miejsce w tabeli sumarycznej sezonu dało prawo klubowi gry w Copa CONMEBOL, jednak Boca zrezygnował z udziału. W 1992 roku przybył do klubu z Penarolu znakomity napastnik urugwajski Sergio Daniel Martínez, który w ciągu najbliższych kilku lat miał być główną siłą napędową ofensywnej gry Boca Juniors W turnieju Apertura 1992/93 prowadzony przez urugwajskiego szkoleniowca Oscara Tabáreza Boca Juniors po ponad 10-letniej przerwie zdobył wreszcie tytuł mistrza Argentyny. Dzięki temu sukcesowi klub uzyskał prawo gry w Copa Libertadores w 1994 roku. W turnieju Clausura było znacznie gorzej i klub zajął 7 miejsce. Jedynie urugwajski napastnik Boca Juniors Sergio Martínez z 12 bramkami sięgnął po tytuł wicekróla strzelców ligi. W Apertura 1993/94 Boca był czwarty, a Martínez znów zdobył 12 goli, jednak tym razem oznaczało to koronę króla strzelców. W Clausura jak przed rokiem 7 miejsce i jak przed rokiem najlepszy strzelec klubu Martínez był wicekrólem strzelców (choć tym razem z 8 bramkami). Start w Supercopa Sudamericana 1993 był całkowicie nieudany – Boca Juniors ponownie trafił na Estudiantes La Plata i dwukrotnie przegrał – 0:2 na wyjeździe oraz 1:3 u siebie. Start w Copa Libertadores 1994 był dla klubu także nieudany – Boca Juniors zajął w grupie ostatnie 4 miejsce i pożegnał się z turniejem już w fazie grupowej. Jedynym usprawiedliwieniem może być to, że kluby argentyńskie trafiły na kluby z Brazylii – Cruzeiro Belo Horizonte i Palmeiras Sao Paulo. Ale drugiemu klubowi argentyńskiemu, Vélez Sarsfield, nie przeszkodziło to w zajęciu pierwszego miejsca. Kolejną okazją, by powetować sobie dotychczasowe niepowodzenia był Supercopa Sudamericana 1994. W 1/8 finału po porażce 0:1 w Montevideo Boca zrewanżował się Urugwajczykom za dotychczasowe porażki i pokonał aż 4:1 Penarol Montevideo. W ćwierćfinale czekał odwieczny rywal – River Plate Buenos Aires. Remisy – najpierw 0:0 na Estadio Monumental, a następnie 1:1 na La Bombonera – sprawiły, że konieczne były rzuty karne. To sportowe losowanie wygrali piłkarze Boca i awansowali do półfinału. River Plate dwa miesiące później w rozgrywkach ligowych powetował sobie to niepowodzenie, gromiąc piłkarzy Boca Juniors na ich własnym stadionie 3:0. W półfinale na własnym boisku drużyna argentyńska wygrała 2:0 z niedawnym dwukrotnym zdobywcą Copa Libertadores (w latach 1992 i 1993), brazylijskim klubem Sao Paulo. W rewanżu drużyna brazylijska odpowiedziała jedynie bramką Ciao i Boca Juniors drugi raz znalazł się w finale drugiego pod względem ważności turnieju klubowego Ameryki Południowej. W finale dużyna z La Boca pierwszy mecz rozegrała u siebie i zremisowała z Independiente 1:1. W rewanżu bramka Ramberta zadecydowała o tym, że to rywale mogli cieszyć się z ostatecznego zwycięstwa. Kily Gonzalez, zanim odszedł do Realu Saragossa, zagrał w sezonie 1995/96 w Boca Juniors Kily Gonzalez, zanim odszedł do Realu Saragossa, zagrał w sezonie 1995/96 w Boca Juniors Turniej Apertura w sezonie 1994/95 to dalekie 13 miejsce i jedynie Sergio Martínez, jako zdobywca 8 goli i wicekról strzelców mógł zaliczyć ten okres do udanych. W turnieju Clausura było znacznie lepsze 4 miejsce, a Martínez z 9 bramkami tradycyjnie już był najlepszym strzelcem drużyny Boca Juniors. W Supercopa Sudamericana 1995 klub zajął ostanie miejsce w grupie – wyprzedzony przez Sao Paulo i Olimpię Asunción. W turnieju Apertura 1995/96 Boca Juniors, pomimo, że wzmocnili go Claudio Caniggia i Kily González, znów był czwarty, a w turnieju Clausura – piąty. W 1995 roku przybył również do klubu Diego Maradona, by rozegrać w nim ostatnie dwa lata w swej piłkarskiej karierze. W Supercopa Sudamericana 1996 Boca Juniors wygrał grupę bez porażki, wyprzedzając Racing i Argentinos Juniors. W ćwierćfinale po dwóch remisach z Cruzeiro Belo Horizonte (0:0 i 1:1), Boca przegrał w karnych i odpadł z turnieju. Następny ligowy sezon 1996/97 był jeszcze słabszy od poprzedniego – 10 miejsce w Apertura i 9 miejsce w Clausura. Turniej Supercopa Sudamericana 1997 zaczął się dla klubu obiecująco – remis z Independiente Buenos Aires i zwycięstwo z Cruzeiro Belo Horizonte. Ale począwszy od wyjazdowej porażki 1:2 z Colo Colo Santiago szczęście od klubu całkowicie się odwróciło – Boca w pozostałych meczach zdołał wywalczyć tylko jeden punkt i zajmując ostatnie miejsce w grupie odpadł z rozgrywek. Sezon 1997/98 zwiastował dla klubu lepsze czasy. W turnieju Apertura, pomimo odejścia Martíneza do hiszpańskiego klubu Deportivo La Coruna, Boca Juniors zdobył tytuł wicemistrza Argentyny, natomiast w Clausura klub zajął 6 miejsce. Boca zadebiutował także w następcy Supercopa Sudamericana – Copa Mercosur 1998. Mając w grupie trudnych rywali (Vélez Sársfield Buenos Aires, brazylijski Flamengo Rio de Janeiro oraz Cerro Porteno Asunción z Paragwaju) Boca wygrał 3 mecze i tyle samo przegrał awansując dalej z drugiego miejsca. W ćwierćfinale Palmeiras Sao Paulo okazał się jednak zbyt silny – po 1:3 na wyjeździe u siebie Boca Juniors zdołał zaledwie zremisować 1:1. Później okazało się, że Boca Juniors przegrał ze zwycięzcami tej edycji pucharu.

Sezon 1998/99 przeszedł najśmielsze oczekiwania. Boca Juniors nie tylko zdobył mistrzostwo Argentyny, ale uczynił to dwa razy w jednym sezonie. Podobnego wyczynu Boca Juniors dokonał jedynie w 1976 toku, kiedy też dwa razy został mistrzem Argentyny. Turniej Apertura wygrany został w imponującym stylu – Boca Juniors nie poniósł żadnej porażki i wyprzedził drugi w tabeli klub Gimnasia y Esgrima La Plata o 9 punktów. Także pod względem bilansu bramkowego drużyna zdecydowanie przewyższyła pozostałych rywali. Niewiele gorzej było w turnieju Clausura. Boca Juniors poniósł jedną porażkę i wyprzedził drugi w tabeli River Plate Buenos Aires o 7 punktów. Tym razem mistrzowski zespół zaimponował znakomitą grą defensywną, tracąc w 19 meczach zaledwie 11 bramek. Na gwiazdę mistrzowskiego zespołu wyrósł pozyskany w 1997 roku z Estudiantes La Plata Martín Palermo. Sukcesy ligowe dały klubowi prawo gry w Copa Mercosur 1999 i Copa Libertadores 2000. Copa Mercosur Boca rozpoczął od bardzo mocnego uderzenia gromiąc na La Bombonera słynny brazylijski klub Sao Paulo 5:1. Później jednak klub pogubił punkty i dał się wyprzedzić drużynie San Lorenzo, przez co odpadł z turnieju.

W ligowym sezonie 1999/2000 wyczyn Boca Juniors z poprzedniego sezonu powtórzył największy z rywali – klub River Plate. Boca natomiast w Apertura był trzeci, a w Clausura dopiero siódmy. W Copa Libertadores początek był fatalny – wyjazdowa porażka z boliwijskim klubem Blooming Santa Cruz. Później jednak było znacznie lepiej i Boca zajął w grupie pierwsze miejsce, zdecydowanie dystansując pozostałych rywali – słynny Penarol Montevideo, feralny Blooming oraz Universidad Católica Santiago. W 1/8 finału przeciwnikiem był ekwadorski zespół Nacional Quito. Po bezbramkowym remisie na wyjeździe w meczu na La Bombonera padło aż 8 bramek – Boca Juniors wygrał 5:3 i awansował do ćwierćfinału, gdzie musiał zmierzyć się ze swym największym derbowym rywalem – wielkim River Plate. Akurat tak się złożyło, że oba mecze tych klubów w Pucharze Wyzwolicieli poprzedził mecz ligowy na La Bombonera, gdzie padł remis 1:1. Kilka dni później, już w Copa Libertadores, doszło do rewanżu na stadionie River Plate, który wygrali gospodarze 2:1. Tydzień później Boca Juniors niespodziewanie wysoko, bo aż 3:0, pokonał mistrzów Argentyny i awansował do półfinału. W półfinale przecwinikiem była rewelacja z Meksyku – klub América Meksyk. Była to także okazja do rewanżu za porażkę w Copa Interamericana w 1978 roku. Wówczas była to sensacja, jednak czasy się zmieniły, a futbol meksykański w roku 2000, zarówno klubowy jak i reprezentacyjny, miał już wyrobioną markę. Teraz porażka Boca Juniors z drużyną z Meksyku mogła być uważana jedynie za niespodziankę. Na La Bombonera drużyna z Argentyny wygrała zdecydowanie 4:1 i wydawało się, że może spokojnie jechać do Meksyku. Rewanż okazał się jednak bardzo trudny, a piłkarze klubu meksykańskiego bliscy byli odrobienia strat. Ostatecznie Boca przegrał 1:3 i awansował do finału. W finale czekał nie lada przeciwnik – obrońca tytułu, brazylijski klub Palmeiras Sao Paulo. Po remisie 2:2 w Buenos Aires faworytem był oczywiście kierowany przez Scolariego Palmeiras. Jednak w Sao Paulo w ciągu 90 minut nie padła żadna bramka. Bramki na wyjeździe nie miały znaczenia, więc zgodnie z tradycją południowoamerykańskich pucharów nie grano dogrywki, lecz od razy przystąpiono do rzutów karnych. Napięcia w drużynie Palmeiras nie wytrzymali Faustino Asprilla i Roque Júnior, których jedenastki obronił świetnie spisujący się w bramce Oscar Córdoba. Boca Juniors wygrał karne 4:2 i po przerwie trwającej 22 lata zdobył Copa Libertadores. W tym decydującym meczu kierujący zespołem Carlos Bianchi wystawił następujący skład: Oscar Córdoba – Hugo Ibarra, Jorge Bermúdez (kapitan), Walter Samuel, Rodolfo Arruabarrena, Sebastián Battaglia, Cristian Traverso, José Basualdo, Juan Román Riquelme, Guillermo Barros Schelotto, Martín Palermo. W Copa Mercosur 2000 Boca Juniors wygrał swą grupę bez porażki (wyprzedził kluby Nacional Montevideo, Olimpia Asunción oraz Corinthians Sao Paulo) i awansował do ćwierćfinału, gdzie jednak wyeliminowany został przez Atlético Mineiro Belo Horizonte.

W Tokio 28 listopada 2000 roku Boca Juniors zmierzył się o miano najlepszej drużyny świata z wielkim Realem. Mecz rozstrzygnął się w ciągu pierwszych kilkunastu minut, kiedy to na dwie bramki Martína Palermo Real odpowiedział golem Roberto Carlosa. Później żadna z drużyn nie pozwoliła sobie strzelić bramki i na koniec Boca Juniors drugi raz w swych dziejach mógł cieszyć się mianem najlepszego klubu na Ziemi. Sukces ten Boca Juniors osiągnął w składzie: Oscar Córdoba – Jorge Bermúdez, Cristian Traverso, Hugo Ibarra, Anibal Matellán, José Basualdo, Mauricio Serna, Juan Román Riquelme, Sebastian Battaglia (92 Nicolás Burdisso), Marcelo Delgado (87 Guillermo Barros Schelotto), Martín Palermo. Udany rok zwieńczyło mistrzostwo Argentyny w turnieju Apertura sezonu 2000/01. W Clausura Boca był trzeci i będąc w najlepszej piątce tabeli sumarycznej sezonu klub zdobył prawo gry w Copa Libertadores w 2002 roku (w 2001 miał już zapewniony udział jako obrońca tytułu) oraz w Copa Mercosur w roku 2001.